Berdasarkan Surat Keputusan (SK) Rektor UMMI nomor 144/KEP/I.0/A/2013 memiliki Susunan Organisasi dan Tata Kelola yang tersusun sebagai berikut:

1. Perangkat penyelenggara; Badan Pembina Harian (BPH).
    
2. Dewan Penyantun;
    
3. Senat Akademik, terdiri dari empat komisi, yaitu :
   1. Komisi senat pelaksanaan catur dharma perguruan tinggi UMMI serta kemahasiswaan;
   2. Komisi senat perencanaan dan pengembangan;
   3. Komisi senat sarana/prasarana dan anggaran;
   4. Komisi Etik dan Hukum
       
4. Pimpinan Universitas:
   1. Rektor ;
   2. Wakil Rektor I bidang Akademik
   3. Wakil Rektor II bidang Umum dan Keuangan;
   4. Wakil Rektor III bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama;
       
5. Unsur pimpinan penyelenggara akademik :
   1. Dekan dan Wakil Dekan
   2. Ketua dan Sekretaris Program Studi
       
6. Unsur Akademik:
   1. Fakultas Sains dan Teknologi;
      1. Program Studi Teknik Sipil (Sarjana)
      2. Program Studi Teknik Informatika (Sarjana)
      3. Program Studi Kimia (Sarjana)
          
   2. Fakultas Pertanian ;
      1. Program Studi Agribisnis (Sarjana)
      2. Program Studi Akuakultur (Sarjana)
          
   3. Fakultas Ilmu Administrasi dan Humaniora ;
      1. Program Studi Administrasi Publik (Sarjana)
      2. Program Studi Administrasi Bisnis (Sarjana)
      3. Program Studi Sastra Inggris (Sarjana)
      4. Program Studi Hubungan Masyarakat (Diploma 3)
      5. Program Studi Magister Ilmu Administrasi (Magister)
          
   4. Fakultas Ekonomi ;
      1. Program Studi Perpajakan (Diploma 3)
      2. Program Studi Akuntansi (Sarjana)
      3. Program Studi Manajemen Retail (Sarjana)
          
   5. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan;
      1. Program Studi Pendidikan Biologi (Sarjana)
      2. Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (PBSI) (Sarjana)
      3. Program Studi Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi (PJKR) (Sarjana)
      4. Program Studi Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini (PG-PAUD) (Sarjana)
      5. Program Studi Pendidikan Teknologi Informasi (PTI) (Sarjana)
      6. Program Studi Pendidikan Matematika (Sarjana)
      7. Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD) (Sarjana)
          
   6. Fakultas Hukum
      1. Program Studi Ilmu Hukum (Sarjana)
          
   7. Fakultas Kesehatan
      1. Program Studi Keperawatan (Diploma 3)
      2. Program Studi Sarjana Keperawatan dan Ners (S1 dan Profesi)
          
   8. Lembaga
      1. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM);
      2. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM);
      3. Lembaga Al Islam dan Kemuhammadiyahan (LAIK)
          
7. Unsur pelaksana administrasi: Biro Administrasi, terbagi menjadi:
   1. Biro Administrasi Akademik, Kemahasiswaan, dan Alumni
      1. Bagian Administrasi Akademik,
      2. Bagian Administrasi Kemahasiswaan;
      3. Bagian Administrasi Sistem Informasi Manajemen (SIM);
          
   2. Biro Administrasi Umum, Keuangan, dan SDM
      1. Bagian Administrasi Keuangan;
      2. Bagian Administrasi Umum dan Kepegawaian;
          
8. Unsur penunjang akademik: Laboratorium, Perpustakaan, Studio, Bengkel Workshop, Penerbitan, dan unsur penunjang lainnya sesuai dengan pengembangan UMMI;
    
9. Unit Pelaksana Teknis (UPT)
   1. UPT Perpustakaan;
   2. UPT Humas, Promosi dan PMB;
   3. UPT Kantor Urusan Internasional dan Language Center (KUI).
   4. Unit Pengembangan Pembelajaran (UPP)